Азово-Черноморское территориальное управление Росрыболовства создано в марте 2007 года с целью осуществления функций по контролю и надзору за водными биологическими ресурсами и среды их обитания во внутренних водах Российской Федерации, по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного), рыбопереработки.

В зону ответственности Управления входят территории Краснодарского края, Республики Адыгея, Карачаево-Черкесской Республики, Ставропольского края, Ростовской, Волгоградской, Воронежской, Липецкой, Запорожской, Херсонской, Донецкой Народной Республики, Луганской Народной Республики, Республики Крым и города федерального значения Севастополь.

Площадь обслуживаемой территории составляет 602,84 тыс. км², средняя плотность населения - 40,1 чел./км².

В водный фонд бассейна входят: российские  акватории Черного и Азовского морей, Керченский пролив и Таганрогский залив общей площадью 139,5 тыс. км²; более 23600 рек общей протяженностью около 105 145 км; 22 крупных водохранилища и  13 707 прудов, озер и лиманов общей площадью 1722,2 тыс. га.

В структуру Азово-Черноморского территориального управления Росрыболовства входит 22 отдела, в том числе 10 отделов центрального аппарата и 12 обособленных структурных подразделений:

– Кубано-Адыгейский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Кавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Азово-Кубанский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов

– Верхнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Нижнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Прикавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Цимлянский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Крымский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

– Донецкий отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов Азово-Черноморского территориального управления Федерального агентства по рыболовству;

– Луганский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов Азово-Черноморского территориального управления Федерального агентства по рыболовству;

– Запорожский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов Азово-Черноморского территориального управления Федерального агентства по рыболовству;

– Херсонский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов Азово-Черноморского территориального управления Федерального агентства по рыболовству.

Азово-Черноморский бассейн богат рыбными ресурсами. В данном рыбохозяйственном бассейне обитают такие особо охраняемые виды рыб, как белуга, русский осетр, севрюга, стерлядь, черноморский лосось. Основные промысловые виды - сазан, лещ, судак, тарань, черноморские кефали, азовская хамса, камбала-калкан, черноморская килька, хамса. Кроме того, существенную прибавку уловам дают виды водных биоресурсов, акклиматизированные в этом бассейне: пиленгас (дальневосточная кефаль) и растительноядные рыбы (белый и пестрый толстолобики, белый и черный амуры).

В бассейне мероприятия по искусственному воспроизводству водных биоресурсов и по рыбохозяйственной мелиорации водных объектов осуществляют следующие подведомственные Росрыболовству организации:

Азово-Донской филиал ФГБУ «Главрыбвод»:

– Донской осетровый завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Рогожкинский рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Аксайско-Донской рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Цимлянский завод по разведению частиковых рыб ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Бейсугское нерестово-вырастное хозяйство ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Черноерковское нерестово-вырастное хозяйство ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Восточно-Ахтарское нерестово-вырастное хозяйство ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Ейское экспериментальное хозяйство по разведению и воспроизводству рыбы ОСП ФГБУ «Главрыбвод».

Азово-Черноморский филиал ФГБУ «Главрыбвод»:

– Гривенский осетровый рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Ачуевский осетровый рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Темрюкский осетровый рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Адыгейский осетрово-рыбоводный завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Адлерский производственно-экспериментальный рыбоводный лососевый завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Производственно-экспериментальный рыбоводный лососевый завод «Джегош» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»;

– Кизилташское нагульно-воспроизводственное кефалевое хозяйство ОСП ФГБУ «Главрыбвод».

История создания государственных органов рыбоохраны в Азово-Черноморском бассейне берет начало с 1939 года, когда в систему Главрыбвода Наркомата рыбной промышленности СССР вошло Краснодарское Азово-Черноморское управление рыбоохраны и регулирования рыболовства и рыбоводства. Главной задачей управления являлся контроль за рыбохозяйственными водоемами Краснодарского края, охрана рыбных запасов, регулирование рыболовства, искусственное воспроизводство наиболее ценных промысловых видов рыб.

На первых порах в составе управления было 8 инспекций и 1 рыбоводный завод. В дальнейшем, после ряда реорганизаций и укрупнения за счет Донского бассейна, управление преобразовалось в ФГБУ «Азчеррыбвод». В зону ответственности управления кроме Краснодарского края и Республики Адыгея вошли Ставропольский край, Карачаево-Черкесская Республика и Ростовская область, где действовали республиканские, краевые, областные и 22 районные инспекции рыбоохраны. В структуре ФГБУ «Азчеррыбвод» было уже 3 рыбоводных завода (1 осетровый и 2 лососевых). В то время рыбоохранная работа на подконтрольных водоемах осуществлялась силами 270 государственных инспекторов. Ежегодно ими вскрывалось до 25 тыс. нарушений рыбоохранного законодательства, а количество изымаемых запрещенных орудий лова превышало 40 тыс. единиц.

Большая работа проводилась по  определению ущерба, наносимого работой более 600 водозаборных станций и сооружений. Ежегодно число водозаборов, не оборудованных РЗУ, снижалось. Апробировались новые, более эффективные системы рыбозащиты, которые затем находи­ли применение и в других регионах России. Рыбоводные заводы наращивали выпуск молоди осетровых, черноморского лосося и форели. С выходом на проектную мощность Донского осетрового завода выпуск молоди осе­тра, севрюги белуги и стерляди достиг 3,5 млн. шт. Кроме того, в водоемы выпускалось более 200 тыс. шт подращенной молоди лососевых.

С возвращением Росрыболовству контрольно-надзорных функций в области рыболовства и охраны водных биоресурсов открывается новая страница истории органов рыбоохраны России. Эстафету этого трудного и важного для страны дела в Азово-Черноморском рыбохозяйственном бассейне приняли сотрудники территориального управления Росрыболовства, которые совместно с другими подведомственными организациями, правоохранительными органами и общественными объединениями горячо взялись за работу.

Работа Управления по итогам 2020 года признана лучшей среди 18 территориальных управлений. Из рук руководителя Росрыболовства Ильи Шестакова переходящее знамя и памятный знак «Лучшее территориальное управление» получил руководитель Азово-Черноморского территориального управления Игорь Рулев.

Среди сотрудников Азово-Черноморского территориального управления Росрыболовства немало заслуженных работников, которые нередко с риском для жизни выполняли свою нелёгкую работу. В первую очередь это Никульшин Иван Максимович – ведущий эксперт отдела организации и регулирования рыболовства. В отрасли 51 год. Награды: Звание «Почетный работник рыбного хозяйства России», Медаль «Ветеран рыбного хозяйства России», медаль «За заслуги в развитии рыбного хозяйства России» I степени. Аксенов Евгений Борисович – ведущий эксперт отдела организации и регулирования рыболовства. В отрасли 49 лет. Награды: медаль «За заслуги в развитии рыбного хозяйства России» II степени. Янок Аслан Исхакович – старший инженер Кубано-Адыгейского отдела. В отрасли 40 лет. Награды: звание «Почетный работник рыбного хозяйства России», медаль «Ветеран рыбного хозяйства России», медаль «За заслуги в развитии рыбного хозяйства России» I степени. Смолюга Сергей Никифорович – последняя замещаемая должность – заместитель начальника Азово-Кубанского отдела. В отрасли 35 лет. Награды: медаль ордена «За заслуги перед Отечеством», знак «Почетный работник органов рыбоохраны России», медаль «Ветеран рыбного хозяйства России», медаль «За заслуги в развитии рыбного хозяйства России» II степени. Болотин Игорь Алексеевич – последняя замещаемая должность – заместитель начальника отдела государственного контроля, надзора и рыбоохраны. В отрасли 31 год. Награды: медаль «Ветеран рыбного хозяйства России». А также сотрудники подведомственных Росрыболовству ­ учреждений: А.П. Сушков - заместитель начальника ФГУ «Аздонрыбвод», проработавший в органах рыбоохраны 41 год, награжденный медалью «300 лет Российскому флоту», удостоенный почетного звания заслуженный работник рыбного хозяйства РФ»; Н.П. Сушкова - начальник отдела мониторинга, почетный работник рыбного хозяйства, также отработавшая в отрасли 41 год; А.С. Никитенко - помощник начальника управления ФГУ «Азчеррыбвод», отработавший в органах рыбоохраны 44 года, заслуженный работник сельского хозяйства Кубани, почетный работник органов рыбоохраны России, почётный рыбовод России; И.М. Дмитриев - 47 лет стажа в органах рыбоохраны, почетный работник органов рыбоохраны; И.А. Удод - стаж 44 года, почетный работник органов рыбоохраны России; Л.Д. Фокина - стаж 46 лет, почетный работник органов рыбоохраны России; Н.Е. Саркисов, K.Г. Гладких - руководитель Воронежского филиала, 40 лет отдавший избранному делу, награжден медалью «За заслуги перед Отечеством» I степени, почетный работник органов рыбоохраны; З.В. Кожуховская - главный ихтиолог отдела, отработавшая в органах рыбоохраны более 30 лет, почётный работник органов рыбоохраны и почетный работник рыбного хозяйства; А.Ф. Репин - начальник отдела транспорта и флота, почетный работник органов рыбоохраны, также отработавший более 30 лет; П.С. Семилетов - начальник отдела рыбоводства и воспроизводства ВБР; В.В. Травинская - ведущий специалист, почетный работник органов рыбоохраны; Н.П. Шаталов - начальник участка ЦРЗ, почётный рыбовод России; Н.В. Семина - главный рыбовод ЦРЗ, заслуженный рыбовод России; Н.Н. Володькина - ведущий ихтиолог, заслуженный работник рыбного хозяйства РФ, почетный работник органов рыбоохраны России; А.Т. Торопылин - начальник отдела, почетный работник органов рыбоохраны.